年末調整と確定申告、何がどう違う？控除はどちらで受ける？

年末調整と確定申告の役割、控除を受ける入口を国税庁の資料で整理。医療費控除・住宅ローン控除の違い、副業の20万円と住民税、ふるさと納税のワンストップ特例で気をつけたい点をまとめた。

年末調整は、勤務先が給与について行う税金の精算。確定申告は、本人がその年の所得や控除をまとめて税額を計算する手続きだ。会社で年末調整をしていても、別の所得がある場合や、医療費控除などを受けたい場合には、確定申告を検討することになる。

ここでは給与を受け取っている人を中心に、二つの手続きの役割と、控除を受ける入口を整理した。個人ごとの税額や申告義務を判定する記事ではない。

年末調整は、給与から先に引かれた税金を精算する

毎月の給与から引かれている所得税等の合計は、年間で納める税額と必ず一致するわけではない。勤務先が年間の給与や控除をもとに計算し直し、多く引いていれば返し、足りなければ徴収する。これが年末調整だ。

対象や提出書類には条件があり、すべての働く人が受けられるものではない。たとえば年間の給与が2,000万円を超える人は対象外となる。年の途中で退職・転職した場合も、勤務状況に応じた確認が必要だ。国税庁「年末調整のしかた」

よく使われる控除を、手続きの入口で分けると次のようになる。対象になるための要件や必要書類は、控除ごとに異なる。

控除など	主な手続きの入口
扶養・配偶者関係の控除、基礎控除	条件に応じて勤務先へ申告し、年末調整で反映
生命保険料・地震保険料・社会保険料の控除など	必要な申告書や証明書を勤務先へ提出。給与から控除された保険料などは勤務先が把握する分もある
医療費控除、雑損控除、寄附金控除	原則として本人が確定申告で申告。ふるさと納税には別途ワンストップ特例がある
住宅ローン控除	最初の年は確定申告。給与所得者は2年目以降、年末調整で受けられる場合がある

年末調整で扱える控除でも、何もしなくてよいとは限らない。会社から申告書が届いたら、該当する控除と提出期限を確認する。一方、医療費控除などは、会社の書類へ書けば終わるものではない。国税庁「令和8年分年末調整のしかた」、国税庁「給与所得者と税」、国税庁「住宅借入金等特別控除」

給与を1か所から受け、給与の全部が源泉徴収の対象となる場合、給与・退職所得以外の所得の合計が20万円を超えることは、確定申告が必要になる代表的な条件だ。年間の給与収入が2,000万円を超える場合や、給与を複数の勤務先から受ける場合には別の確認が必要になる。

ここでいう20万円は、給与以外の仕事であれば、一般に収入から必要経費を引いた所得の話だ。「振り込まれた額だけ」を比べると判断がずれる。国税庁「給与所得者で確定申告が必要な人」、国税庁「給与所得者と税」

また、この条件によって所得税の申告が不要でも、医療費控除などのために確定申告をするなら、その20万円以下の所得も併せて申告する必要がある。所得税の申告不要の扱いを、そのまま住民税へ当てはめることもできない。住民税の申告が必要かは、住んでいる自治体で確認する。国税庁「No.1900の質疑応答」、白山市「給与以外の収入があるが市民税・県民税の申告が必要か知りたい」

ふるさと納税のワンストップ特例を申請していても、医療費控除などで確定申告をすると、その特例申請は無効になる。その場合は、ワンストップ特例を申請した分を含め、寄附金控除を計算する必要がある。「ふるさと納税はもう手続きしたから」と外してしまわないようにしたい。国税庁「ふるさと納税をした場合」

できる。年末調整で反映していない控除などがあれば、還付申告ができる場合がある。還付されるかどうかは、その年の所得・控除・源泉徴収額などによる。国税庁「還付申告」

年末調整では受けられないため、本人が確定申告で申告する。適用条件や医療費の明細書などは、国税庁の案内を確認する。国税庁「給与所得者と税」

給与所得者は、最初の年に確定申告で適用を受けた後、2年目以降は年末調整で受けることができる。勤務先への申告書等の提出が必要になる。国税庁「住宅借入金等特別控除」

二つの手続きの役割は整理できた。ただ、自分がどの控除の対象で、いくら戻るかは、この記事の区分表だけでは決まらない。副業の所得区分、家族の所得、住まいの取得条件など、個別の事実が必要だからだ。

手元に給与の源泉徴収票をそろえ、給与以外の収入と経費、追加したい控除を並べてみる。まず会社で扱う分を確認し、それ以外を国税庁の案内や税務署の相談窓口で確かめる。その順にすると、同じ「税金の書類」に見えていたものを分けて考えやすくなる。

資料確認：2026年10月20日。税額や控除額の具体的な計算は扱っていない。手続きの際は対象年分の最新資料を確認してほしい。